La ciudad se encuentra enclavada en el centro geográfico de la provincia de Jaén, en un  lugar dominante de la Comarca de La Loma . Este promontorio natural , por encima de los 750 m., domina el valle del Guadalquivir, que discurre a corta distancia , y la riqueza de sus tierras, ha posibilitado la ocupación humana desde tiempos prehistóricos. 

En la primera mitad del siglo XVII se realiza en Baeza la primera excavación prehistórica de España; se trataba de una necrópolis argárica de la primera Edad del Bronce. En la actualidad, las excavaciones que se llevan a cabo en el llamado Cerro del Alcázar (primitivo asentamiento de la ciudad) han confirmado dichos asentamientos al menos durante 300 años  en  el II Milenio. Otros restos prehistóricos, ibéricos, romanos y musulmanes se encuentran aún en su recinto.

A partir de ese momento la ocupación ha sido permanente. Aparece denominada en las fuentes romanas con el nombre de Vivatia para pasar a ser conocida como Bayyasa en la época hispanomusulmana. De aquel tiempo data el trazado de sus murallas, rehechas posteriormente en distintos momentos de su historia, aunque testimonian la importancia estratégica del emplazamiento. Durante la dominación musulmana se convierte en fuerte reducto, llegando a ser efímera sede de un reyezuelo moro. Su posición estratégica, entre Castilla y Andalucía, que habría de informar su modo de ser y de estar hasta hoy, le otorga una gran importancia a lo largo de la Edad Media. Los reyes cristianos la hacen objeto de sus incursiones, tomándola y perdiéndola en diferentes ocasiones, dando lugar a bellos romances fronterizos de nuestra Literatura.

Después de muchos avatares,  Alfonso VII la somete en el año 1146, perdiéndola en 1157. Alfonso VIII la ocupa en 1212 a continuación de la famosa batalla de las Navas de Tolosa, será  Fernando III el Santo quien la conquiste definitivamente en el año 1227, dejando en ella al Señor de Vizcaya D. Lope Díaz de Haro junto a "Trescientos Caballeros" para su defensa y poblamiento: infanzones y nobles que habrían de tener protagonismo en todo el proceso conquistador del rey santo. Para su gobierno les concedió su famoso Fuero y les otorgó privilegios realengos y tierras concejiles  que explican en buena medida la riqueza de su Concejo y el amplio desarrollo de los siglos posteriores. Los moros de Baeza pasaron a Granada en su mayoría, estableciéndose en el barrio llamado desde entonces, según la tradición, del Albaicín.

 A partir de entonces, la Baeza cristiana juega un papel principalísimo en las luchas fronterizas y en toda la reconquista de Al 'Andalus con la "Compañía de los Doscientos Caballeros del Señor Santiago", formada por gran parte de los pobladores. El hecho de ser la primera ciudad importante de esta provincia en incorporarse a Castilla, siete años antes que Úbeda y diecinueve antes que Jaén, la sitúa en posición ventajosa por lo dilatado de su jurisdicción. Las hazañas de sus huestes , le hacen merecer el sobrenombre  de "Nido Real de Gavilanes". La famosa Compañía antes citada, fundada por Fernando III, prolongó su existencia durante más de quinientos años, señalando su presencia gloriosa en otras  grandes empresas nacionales. Los reyes de Castilla agradecidos e interesados en el servicio de la ciudad, le conceden numerosos privilegios.  Más tarde, las luchas locales entre las familias de los Benavides y Carvajales dan lugar a un hecho muy lamentable que había de precipitar la decadencia de su populoso barrio intramuros: la demolición total de su formidable Alcázar, uno de los más fuertes de Andalucía, por orden de Isabel la Católica en el año 1476. 

También es destacable la presencia de la  Iglesia Católica. Se recoge en la historiografía que era sede episcopal en el S.III, y tras su conquista lo vuelve a ser, de ahí la existencia de su Catedral. Las más importantes ordenes religiosas y conventuales tuvieron presencia en la Ciudad, entre ellas la Compañía de Jesús, como ejemplo valga citar que el rescate de Cervantes salió del Convento de los Trinitarios Descalzos aquí ubicado. Se fundaron más de doce parroquias y al lado de los conventos y monasterios surgieron también hospitales,  Colegios, el Seminario  y su Universidad.

Es en el siglo XVI, cuando Baeza, marchando al ritmo del gran siglo hispánico, alcanza su máximo esplendor arquitectónico, testimonio muy elocuente del cual son, su  Universidad , en la que impartieron sus enseñanzas San Juan de Ávila y San Juan de la Cruz, y la mayoría de sus importantes monumentos, como la Casa de Cárcel y Justicia (Ayuntamiento), el Pósito, el Palacio de los Salcedo, San Pablo... El esplendor  económico se asienta en una agricultura basada en el cultivo de vid y cereal y en una industria con predominio de los paños.  También consta la existencia de una imprenta baezana a partir de 1551; en ella se editó en 1575 la edición príncipe de "Examen de Ingenios para las Ciencias" de Juan Huarte de San Juan. El proceso constructivo  se prolongaría a lo largo del siglo XVII, a partir del cual la ciudad iniciaría su declive, aunque de forma jalonada y con altibajos, intentando relanzar su industria en distintos momentos y con la fundación en 1774 de una Sociedad Económica de Amigos del País, impulsada por el ilustrado Pablo de Olavide. 

En el siglo XIX vuelve a surgir un desarrollo urbanístico apreciable que ha ido fluctuando a lo largo del siglo XX, aunque en estos últimos años ha tomado un importante  impulso, no ya con nuevas construcciones sino con importantes intervenciones en restauración y rehabilitación del Patrimonio. En el terreno económico sigue siendo la agricultura la principal riqueza de Baeza, basada en el cultivo del olivar, siendo esta Comarca la mayor productora de aceite.